A nova estrutura do Palácio do Planalto, que está sendo desenhada pela equipe do presidente eleito, Jair Bolsonaro, prevê que a pasta da Casa Civil passe a ter uma outra atribuição e deixe de coordenar os ministérios do governo. Esse trabalho passaria a ser feito pelo vice-presidente eleito da República, general Hamilton Mourão. A ideia é liberar o futuro ministro-chefe da Casa Civil, Onyx Lorenzoni, para a articulação política com o Congresso, já que a Secretaria de Governo – que desempenha esse papel atualmente – será extinta.
Na visão do núcleo mais próximo do presidente eleito, a articulação política e a abertura de um canal de ligação de Bolsonaro com os parlamentares vai demandar tempo e esforço em um cenário de votação de projetos considerados fundamentais pela nova gestão.
A estrutura do Planalto no governo Bolsonaro daria mais poderes ao general Mourão – que durante a campanha eleitoral deu declarações polêmicas e, por isso, chegou a ser desautorizado pelo então presidenciável do PSL – e pode acentuar as diferenças entre os grupos político e militar que cercam o presidente eleito.